Bà gia nhập chính trị của Uganda bằng cách tranh cử vào ghế nghị sĩ Quốc hội Kitgum vào năm 2006. Bà đã được bầu, đánh bại ứng cử viên của Phong trào Kháng chiến Quốc gia Santa Okot. Bà được bổ nhiệm làm Bộ trưởng môi trường trong hậu trường, trong nhiệm kỳ đầu tiên tại quốc hội, do hoạt động môi trường của bà.[2]

Cô trở nên nổi tiếng với công việc cứu rừng Mabira ở Uganda. Tổng thống Yoweri Museveni và chính phủ, trước khi làm việc với bà, đã quyết định bán rừng cho công ty mía đường Sugar Corporation of Uganda Limited (SCOUL) để chặt hạ và chuyển đổi thành đồn điền mía để sản xuất ethanol. Bà đã chiến đấu cùng với Hiệp hội các nhà môi trường chuyên nghiệp quốc gia để ngăn chặn việc chặt hạ và tổ chức tẩy chay đường của SCOUL.[3]

Vào năm 2007, khoảng 100.000 người dân Uganda đã trình diễn trong một cuộc biểu tình có tên "Cuộc thập tự chinh Mabira" chống lại tổng thống và quân đội để cứu rừng. Ba người chết và nhiều người bị thương. Nhà của Atim Anywar bị quân đội và cảnh sát bao vây, và bà bị giam cầm vì lý do khủng bố.[3][4]